Depuis il a été construit au début des années quatre-vingt, le mur a eu de nombreuses conséquences négatives sur les différents aspects de la vie de la population civile sahraouie. En ce qui concerne ses conséquences politiques et juridiques, le mur isole et sépare les territoires occupés des zones libérées sahraouies et du monde entier. Il sert aussi à consolider l’occupation du territoire comme un fait irréversible et créer un « fait accompli » sur le terrain en même temps que le Maroc prétend avoir un contrôle complet sur le Sahara Occidental niant ainsi l’existence des territoires libérés administrés par le Front Polisario et la République sahraouie (RASD). 
En ce qui concerne l’impact économique du mur, il est connu que l’économie marocaine est de plus en plus dépendante du pillage illégal des ressources naturelles du territoires occupés du Sahara Occidental (le phosphate, la pêche, les minéraux, l’agriculture, etc.), qui fournit de l’emploi pour la grande majorité des colons marocains dans le territoire. Les citoyens sahraouis qui vivent sous l’occupation souffrent de la marginalisation et de la privation de leurs droits socioéconomiques fondamentaux. Les zones extrêmement minées sont devenus inhabitables et avec une faible productivité économique, et cette situation affecte considérablement les moyens de subsistance liée au désert de nombreux sahraouis. Le mur marocain représente également un grand protecteur derrière lequel le Maroc persiste dans son pillage systématique des ressources naturelles du territoire. 
Quant à son impact humanitaire, social, culturel et psychologique, le mur marocain est un mur de séparation par excellence parce qu’il atteinte à la cohésion sociale de la société sahraouie et divise les familles sahraouies entre les zones occupées et les camps de réfugiés dans le sud-ouest de l’Algérie. Les mines mettent en danger le mode de vie traditionnel sahraoui, lié au désert, et empêchent les familles sahraouies séparées de transmettre à leurs enfants les traditions et les valeurs culturelles de leur société. Le mur transforme les territoires occupés en une grande prison dans laquelle toutes les formes de répression physique et psychologique sont pratiquées systématiquement en toute impunité. Cette situation contribue à aggraver le sentiment d’isolement, l’aliénation et de la vulnérabilité de la population sahraouie dans ces zones.
En ce qui concerne son impact sur la sécurité, le mur représente une menace permanente pour la sécurité régionale en raison des 7 millions de mines plantées autour du mur, des grandes quantités de restes explosifs de guerre et des armes à sous-munitions. Mais aussi par l’implication des militaires marocains dans la contrebande de marchandises interdites, le trafic de drogue et l’immigration clandestine vers et depuis les territoires occupés sahraouis constitue une menace sérieuse pour la sécurité de toute la région. 
En ce qui concerne son impact sur l’environnement, la construction du mur et l’infrastructure qu’il contient ont conduit à des changements profonds à la surface de la terre qui est devenue plus vulnérable à l’érosion éolienne et la stagnation de l’eau. Par sa structure, le mur agit comme une barrière à l’écoulement de l’eau dans les zones situées au sud-est du mur, comme le montre cette image satellite. Cette situation a augmenté la désertification dans la région et aura un impact à long terme sur l’écosystème de tout le territoire.