منذ أن تم بناء الجدار في أوائل الثمانينات فقد نجم عنه العديد من الآثار السلبية على مختلف جوانب الحياة للسكان المدنيين الصحراويين. وبالنسبة إلى آثاره السياسية والقانونية فالجدار يعزل و يفصل بين الأراضي المحتلة والمناطق المحررة من الصحراء الغربية وبينها والعالم كله. وهو يعمل على ترسيخ احتلال الإقليم كحقيقة لا رجعة فيها و على خلق “أمر واقع” على الأرض في نفس الوقت الذي يدعي فيه المغرب أن لديه السيطرة الكاملة على الصحراء الغربية نافيا بذلك وجود الأراضي المحررة التي تديرها جبهة البوليساريو والجمهورية الصحراوية.
ومن حيث الأثر الاقتصادي للجدار فانه من المعروف أن الاقتصاد المغربي أصبح يعتمد بشكل متزايد على النهب غير المشروع للموارد الطبيعية في الأراضي المحتلة من الصحراء الغربية (الفوسفاط ومصائد الأسماك والمعادن والزراعة، الخ) والذي يوفر فرص العمل للغالبية العظمى من المستوطنين المغاربة في الإقليم. أما المواطنون الصحراويون الذين يعيشون تحت الاحتلال فإنهم يعانون التهميش و الحرمان من حقوقهم الاجتماعية والاقتصادية الأساسية. كما أن المناطق الملغومة بكثرة اصبحت مناطق غير صالحة للسكن وذات إنتاجية اقتصادية محدودة، وقد أثر هذا الوضع بشكل كبير على معيشة العديد من الصحراويين المرتبطة بأجواء الصحراء. كما يمثل الجدار المغربي حماية ضخمة يحتمي بها المغرب للاستمرار في نهبه الممنهج للموارد الطبيعية للإقليم.
أما بالنسبة لتأثيراته الإنسانية والاجتماعية والثقافية والنفسية فان الجدار المغربي هو جدار فصل بامتياز لأنه يمزق النسيج الاجتماعي للمجتمع الصحراوي و يقسم العائلات الصحراوية بين المناطق المحتلة ومخيمات اللاجئين في جنوب غرب الجزائر. كما تشكل الألغام خطرا على نمط الحياة الصحراوية التقليدية المرتبط بالصحراء وتمنع العائلات الصحراوية المقسمة من تربية أطفالها على التقاليد والقيم الثقافية لمجتمعهم. ويحول الجدار أيضا الأراضي المحتلة إلى سجن كبير تمارس فيه كل أشكال القمع الجسدي والنفسي بشكل ممنهج ومع الإفلات من العقاب، وقد ساهم هذا الوضع في تفاقم الشعور بالعزلة والاغتراب وقلة الحماية بين السكان الصحراويين في تلك المناطق.
ومن حيث تأثيره على الأمن فالجدار يمثل تهديدا مستمرا للأمن الإقليمي نظرا إلى 7 ملايين لغم المزروعة على طول الجدار بالإضافة إلى كميات كبيرة من مخلفات الحرب المتفجرة والذخائر العنقودية. والى جانب ذلك فان تورط الجيش المغربي في تهريب السلع المحظورة وتهريب المخدرات والهجرة غير الشرعية من وإلى الأراضي الصحراوية المحتلة يمثل ايضا تهديدا خطيرا على المنطقة برمتها.
وبالنسبة لتأثيره على البيئة فان بناء الجدار والبنية التحتية التي يتضمنها أدى إلى تغييرات عميقة في سطح الأرض التي أصبحت أكثر عرضة للتعرية الريحية وركود المياه. و بسبب بنيته فان الجدار يعمل كحاجز أمام تدفق المياه إلى المناطق الواقعة جنوب شرقي الجدار كما تظهر صورة الأقمار الصناعية أعلاه. وقد زاد هذا الوضع من ظاهرة التصحر في تلك المناطق ولاشك في أنه سيكون له تأثير طويل الأمد على المنظومة البيئية في المنطقة بأسرها .