Desde que fue construido a partir de los años ochenta, el muro ha tenido muchas consecuencias adversas sobre varios aspectos de la vida del pueblo saharaui. Respecto a sus consecuencias políticas y legales, el muro aísla y separa los territorios ocupados de las zonas liberadas y de todo el mundo. También sirve para consolidar la ocupación del territorio como un hecho irreversible y crear un “hecho consumado” sobre el terreno al mismo tiempo en el que Marruecos afirma que tiene el control completo sobre el Sáhara Occidental negando así la existencia de territorios liberados administrados por el Frente POLISARIO y la República Saharaui (RASD). 
En cuanto al impacto económico del muro, es bien sabido que la economía marroquí depende cada vez más del saqueo de los recursos naturales de las zonas ocupadas del Sáhara Occidental (fosfato, pesca, minerales, agricultura, entre otros), que proporciona empleo para la gran mayoría de los colonos marroquíes en el territorio. Los ciudadanos saharauis que viven bajo la ocupación sufren la marginación y la privación de sus derechos socioeconómicos más básicos. Las zonas densamente minadas se han convertido en tierras inhabitables y con escasa productividad económica y esta situación ha afectado en gran medida los medios y condiciones de vida ligados al desierto de muchos saharauis. El muro marroquí también representa un gran protector detrás del cual Marruecos persiste en el saqueo sistemático de los recursos naturales del territorio.
En cuanto a su impacto humanitario, social, cultural y psicológico, el muro marroquí es un muro de separación por excelencia porque daña el tejido social de la sociedad saharaui y divide las familias saharauis entre las zonas ocupadas y los campamentos de refugiados en el suroeste de Argelia. Las minas ponen en peligro el estilo de vida saharaui tradicional ligado al desierto e impiden que las familias saharauis separadas transmitan a sus hijos las tradiciones y los valores culturales propios de su sociedad. El muro también convierte las zonas ocupadas en una gran prisión en la que se practican de modo sistemático y con impunidad todas las formas de represión física y psicológica. Esta situación ha contribuido a agravar la sensación de aislamiento, alienación y vulnerabilidad entre la población saharaui en esas zonas.
Respecto a su impacto sobre la seguridad, el muro representa una amenaza continua a la seguridad debido a los 7 millones de minas sembradas a lo largo del muro además de grandes cantidades de restos explosivos de guerra y municiones en racimo. Asimismo, la implicación de los militares marroquíes en el contrabando de mercancías prohibidas y tráfico de drogas así como la inmigración ilegal desde y hacia los territorios ocupados constituye una seria amenaza para la seguridad de toda la región. 
En lo que se refiere a su impacto medioambiental, la construcción del muro y la infraestructura que contiene han llevado a profundas alteraciones en la superficie de la tierra que se ha hecho más vulnerable ante la erosión del viento y el estancamiento de agua. Debido a su estructura, el muro funciona como una gran barrera que impide el flujo de agua hacia las zonas que están al sureste del muro, como demuestra esta imagen de satélite. Esta situación ha aumentado la desertificación en la zona de modo que tendrá un impacto a largo plazo en el ecosistema de toda la región.